イチョウ葉に含まれるのはギンコール酸を始めとするアルキルフェノール誘導体他に微量物質としてギンコール、ビロボールがあるであり、粗エキス中に2.2%含むという報告がある。一方、イチョウ葉エキスとして事実上の標準品であるEGb761ginkgolic_acidではドイツ連邦厚生省theCommissionEoftheformerFederalGermanHealthAuthority(BundesgesundheitsamtBGA)によりギンコール酸含量の上限は5ppmと定められているが、実際に含まれる含量は2~3ppm程度という。EGb761はアルツハイマー性痴呆症など必然的に長期投与の必要な症状に用いられるので、この規制は安全性の観点から当然のことである。しかしながら、品質の標準化が徹底されているEGb761以外のイチョウ葉エキスでは、かなり問題がありそうである。例えば、米国で販売されるイチョウ葉エキスの中には、500ppmから90000ppmに達するものまであったという。
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